Στο Πανεπιστήμιο Αθηνών λειτουργεί η Φοιτητική Εστία του Πανεπιστημίου Αθηνών (ΦΕΠΑ) που αποτελείται από 4 κτήρια, τις εστίες Α, Β, Γ και Δ που βρίσκονται στο χώρο της Πανεπιστημιούπολης. Εκεί βρισκόταν και η παλιά ΦΕΠΑ. Με την ευκαιρία των Ολυμπιακών Αγώνων ανακαινίσθηκε εκ βάθρων το κτήριο Α, που είναι και το μεγαλύτερο, ενώ κατασκευάσθηκαν τα κτήρια Γ και Δ.
Σε όλα τα κτήρια μπορούν να στεγασθούν 1032 φοιτητές. Υπάρχουν 648 θέσεις σε μονόκλινα δωμάτια, 302 σε δίκλινα και 60 σε διπλά (2 ξεχωριστά δωμάτια με κοινό χωλ, μπάνιο και τουαλέτα). Ανάμεσα στα παραπάνω και στα κτήρια Α, Γ και Δ υπάρχουν δωμάτια ειδικά διαμορφωμένα ώστε να δεχτούν άτομα με ειδικές ανάγκες (συνολικά 46 θέσεις).Το 82,3% των δωματίων διαθέτουν δική τους τουαλέτα και μπάνιο, ενώ τα υπόλοιπα έχουν δικό τους μπάνιο και κοινόχρηστες τουαλέτες. Τα δωμάτια των κτηρίων Α, Γ και Δ είναι κλιματιζόμενα.
Στις Εστίες γίνονται δεκτοί φοιτητές και φοιτήτριες μόνο του Πανεπιστημίου Αθηνών καθώς και φοιτητές και φοιτήτριες άλλων ΑΕΙ και ΤΕΙ του λεκανοπεδίου αδέλφια των οποίων διαμένουν ήδη στην Εστία.
Την ευθύνη για τη λειτουργία των Εστιών έχουν από κοινού το Πανεπιστήμιο Αθηνών και τοΕθνικό Ίδρυμα Νεότητας (ΕΙΝ). Η ΦΕΠΑ διοικείται από Εφορεία στην οποία συμμετέχουν: το Πανεπιστήμιο Αθηνών με 5 εκπροσώπους μέλη ΔΕΠ, το ΕΙΝ με 4 εκπροσώπους και 2 εκπρόσωποι των φοιτητών. Πρόεδρος της Εφορείας είναι εκπρόσωπος του Πανεπιστημίου Αθηνών.
Την ευθύνη της τρέχουσας λειτουργίας έχουν 2 διευθυντές που ορίζονται από το ΕΙΝ, ένας για τα κτήρια Α, Γ και Δ και ένας για το κτήριο Β, καθώς και διάφοροι υπάλληλοι του ΕΙΝ. Υπάλληλος του Πανεπιστημίου Αθηνών έχει την εποπτεία των τεχνικών ζητημάτων λειτουργίας της Εστίας.
Οι εισδοχές των νέων οικοτρόφων γίνονται πρακτικά 2 φορές το χρόνο. Τον Οκτώβριο -Νοέμβριο και τον Δεκέμβριο - Ιανουάριο. Ο αριθμός τους καθορίζεται από τον αριθμό των ελεύθερων κλινών. Τα κριτήρια εισδοχής είναι κοινωνικά και περιγράφονται στον Κανονισμό λειτουργίας των φοιτητικών εστιών του ΕΙΝ που ισχύει για όλη την Ελλάδα. Η κατανομή των δωματίων γίνεται με δημόσια κλήρωση.
Για τους οικοτρόφους λειτουργεί εστιατόριο στο κτήριο Α. Στο ίδιο κτήριο υπάρχουν Ιατρεία που εξυπηρετούν τόσο τους οικοτρόφους, όσο και το προσωπικό των Πανεπιστημιακών Τμημάτων της Πανεπιστημιούπολης. Υπάρχει επίσης αίθουσα Ηλεκτρονικών Υπολογιστών.
Στον 6ο όροφο της Α΄ ΦΕΠΑ υπάρχουν 29 θέσεις που διατίθενται για τη φιλοξενία ξένων επιστημόνων που επισκέπτονται το Πανεπιστήμιο στα πλαίσια συνεργασιών με μέλη ΔΕΠ του Πανεπιστημίου.
Την εποπτεία της λειτουργίας των Εστιών εκ μέρους του Πανεπιστημίου έχει ο Αντιπρύτανης Φοιτητικής μέριμνας, Πολιτισμού και Διεθνών Σχέσεων.